மெத்திலேஷன்-ஸ்பெசிப் பிசிஆர் (எம்எஸ்பி) கிட்

A-1 டெம்ப்ளேட்

டெம்ப்ளேட்டில் புரத அசுத்தங்கள் அல்லது தாக் தடுப்பான்கள் போன்றவை உள்ளன - டிஎன்ஏ டெம்ப்ளேட்டை சுத்திகரிக்கவும், புரத அசுத்தங்களை அகற்றவும் அல்லது டெம்ப்ளேட் டிஎன்ஏவை சுத்திகரிப்பு கருவிகளுடன் பிரித்தெடுக்கவும்.

Temp டெம்ப்ளேட்டின் அழித்தல் முழுமையடையவில்லை —— தகுந்த முறையில் டீனேட்டரேஷன் வெப்பநிலையை அதிகரிக்கவும் மற்றும் டீனேட்டரேஷன் நேரத்தை நீடிக்கவும்.

■ டெம்ப்ளேட் சீரழிவு —— டெம்ப்ளேட்டை மீண்டும் தயார் செய்யவும்.

ஏ -2 ப்ரைமர்

ப்ரைமர்களின் மோசமான தரம் —— ப்ரைமரை மீண்டும் ஒருங்கிணைக்கவும்.

Mer ப்ரைமர் சிதைவு —— அதிக செறிவு கொண்ட ப்ரைமர்களை சிறிய அளவில் பாதுகாக்க. பல உறைபனி மற்றும் கரைத்தல் அல்லது நீண்ட கால 4 ° C கிரையோபிரசர்வ் ஆகியவற்றைத் தவிர்க்கவும்.

Pri ப்ரைமர்களின் பொருத்தமற்ற வடிவமைப்பு (எ.கா. ப்ரைமர் நீளம் போதாது, ப்ரைமர்களுக்கு இடையில் டைமர் உருவாகிறது, முதலியன) -மறுவடிவமைப்பு ப்ரைமர்கள் (ப்ரைமர் டைமர் மற்றும் இரண்டாம் நிலை அமைப்பு உருவாவதைத் தவிர்க்கவும்)

A-3 Mg²⁺செறிவு

எம்ஜி²⁺ செறிவு மிகக் குறைவு —— சரியாக Mg அதிகரிக்கவும்²⁺ செறிவு: Mg ஐ மேம்படுத்தவும்²⁺ உகந்த Mg ஐ தீர்மானிக்க 0.5 mM இடைவெளியுடன் 1 mM முதல் 3 mM வரை தொடர்ச்சியான எதிர்வினைகளால் செறிவு²⁺ ஒவ்வொரு டெம்ப்ளேட் மற்றும் ப்ரைமருக்கும் செறிவு.

A-4 அனீலிங் வெப்பநிலை

அதிக அனீலிங் வெப்பநிலை ப்ரைமர் மற்றும் டெம்ப்ளேட்டை பிணைப்பதை பாதிக்கிறது. அனீலிங் வெப்பநிலையைக் குறைத்து, 2 ° C சாய்வுடன் நிலையை மேம்படுத்தவும்.

A-5 நீட்டிப்பு நேரம்

Extension குறுகிய நீட்டிப்பு நேரம் —— நீட்டிப்பு நேரத்தை அதிகரிக்கவும்.

நிகழ்வுகள்: எதிர்மறை மாதிரிகள் இலக்கு வரிசை பட்டைகளையும் காட்டுகின்றன.

A-1 PCR மாசுபாடு

Target இலக்கு வரிசை அல்லது பெருக்கப் பொருட்களின் குறுக்கு மாசுபாடு —- எதிர்மறை மாதிரியில் இலக்கு வரிசை கொண்ட மாதிரியை கவனமாக குழாய் செய்யவோ அல்லது மையவிலக்கு குழாயிலிருந்து வெளியேற்றவோ கூடாது. தற்போதுள்ள நியூக்ளிக் அமிலங்களை அகற்றுவதற்கான காரணிகள் அல்லது உபகரணங்கள் ஆட்டோகிளேவ் செய்யப்பட வேண்டும், மேலும் மாசுபாட்டின் இருப்பு எதிர்மறை கட்டுப்பாட்டு சோதனைகள் மூலம் தீர்மானிக்கப்பட வேண்டும்.

Ag உலை மாசுபடுதல் ——உலைகள் மற்றும் குறைந்த வெப்பநிலையில் சேமித்தல்.

ஏ -2 பிரைம்r

எம்ஜி²⁺ செறிவு மிகக் குறைவு —— சரியாக Mg அதிகரிக்கவும்²⁺ செறிவு: Mg ஐ மேம்படுத்தவும்²⁺ உகந்த Mg ஐ தீர்மானிக்க 0.5 mM இடைவெளியுடன் 1 mM முதல் 3 mM வரை தொடர்ச்சியான எதிர்வினைகளால் செறிவு²⁺ ஒவ்வொரு டெம்ப்ளேட் மற்றும் ப்ரைமருக்கும் செறிவு.

Pri தவறான ப்ரைமர் வடிவமைப்பு, மற்றும் இலக்கு வரிசை இலக்கு அல்லாத வரிசையுடன் ஒரே மாதிரியானது. —— மறு-வடிவமைப்பு ப்ரைமர்கள்.

நிகழ்வுகள்: பிசிஆர் பெருக்கி பட்டைகள் பெரிய அல்லது சிறிய, அல்லது சில நேரங்களில் குறிப்பிட்ட பெருக்கி பட்டைகள் மற்றும் குறிப்பிட்ட அல்லாத பெருக்கி பட்டைகள் ஏற்படும் எதிர்பார்த்த அளவு முரண்படுகின்றன.

ஏ -1 ப்ரைமர்

Pri மோசமான ப்ரைமர் விவரக்குறிப்பு

—— மறு வடிவமைப்பு ப்ரைமர்.

Mer ப்ரைமர் செறிவு மிக அதிகமாக உள்ளது ——சீரற்ற வெப்பநிலையை முறையாக அதிகரிக்கவும் மற்றும் நீக்குதல் நேரத்தை அதிகரிக்கவும்.

A-2 Mg²⁺ செறிவு

எம்ஜி²⁺ செறிவு மிக அதிகமாக உள்ளது —— Mg2+ செறிவை சரியாகக் குறைக்கவும்: Mg ஐ மேம்படுத்தவும்²⁺ உகந்த Mg ஐ தீர்மானிக்க 0.5 mM இடைவெளியுடன் 1 mM முதல் 3 mM வரை தொடர்ச்சியான எதிர்வினைகளால் செறிவு²⁺ ஒவ்வொரு டெம்ப்ளேட் மற்றும் ப்ரைமருக்கும் செறிவு.

ஏ -3 தெர்மோஸ்டபிள் பாலிமரேஸ்

En அதிகப்படியான என்சைம் அளவு —— 0.5 U இன் இடைவெளியில் என்சைம் அளவைக் குறைக்கவும்.

A-4 அனீலிங் வெப்பநிலை

Ne அனீலிங் வெப்பநிலை மிகக் குறைவு —— பொருத்தமாக அனீலிங் வெப்பநிலையை அதிகரிக்கவும் அல்லது இரண்டு-நிலை அனீலிங் முறையைப் பின்பற்றவும்

A-5 PCR சுழற்சிகள்

P அதிகமான PCR சுழற்சிகள் —— PCR சுழற்சிகளின் எண்ணிக்கையைக் குறைக்கவும்.

ஏ -1 ப்ரைமர்—— மோசமான விவரக்குறிப்பு —- ப்ரைமரை மீண்டும் வடிவமைக்கவும், ப்ரைமரின் நிலை மற்றும் நீளத்தை அதன் தனித்தன்மையை அதிகரிக்க மாற்றவும்; அல்லது உள்ளமை PCR செய்யவும்.

A-2 டெம்ப்ளேட் DNA

டெம்ப்ளேட் சுத்தமாக இல்லை — டெம்ப்ளேட்டை சுத்திகரிக்கவும் அல்லது டிஎன்ஏவை சுத்திகரிப்பு கருவிகளுடன் பிரித்தெடுக்கவும்.

A-3 Mg²⁺ செறிவு

--- எம்ஜி²⁺ செறிவு மிக அதிகம் —— Mg ஐ சரியாகக் குறைக்கவும்²⁺ செறிவு: Mg ஐ மேம்படுத்தவும்²⁺ உகந்த Mg ஐ தீர்மானிக்க 0.5 mM இடைவெளியுடன் 1 mM முதல் 3 mM வரை தொடர்ச்சியான எதிர்வினைகளால் செறிவு²⁺ ஒவ்வொரு டெம்ப்ளேட் மற்றும் ப்ரைமருக்கும் செறிவு.

A-4 dNTP

- டிஎன்டிபிகளின் செறிவு மிக அதிகமாக உள்ளது - டிஎன்டிபியின் செறிவை சரியான முறையில் குறைக்கவும்

A-5 அனீலிங் வெப்பநிலை

--— மிகக் குறைவான அனீலிங் வெப்பநிலை —— அனீலிங் வெப்பநிலையைப் பொருத்தமாக அதிகரிக்கவும்

ஏ -6 சுழற்சிகள்

——————————————————————————————————————————————————————————————————————

முதல் படி பொருத்தமான பாலிமரேஸைத் தேர்ந்தெடுப்பது. 3'-5 'எக்ஸான்யூக்லீஸ் செயல்பாடு இல்லாததால் வழக்கமான டாக் பாலிமரேஸ் சரிபார்ப்பு செய்ய முடியாது, மேலும் பொருந்தாதது துண்டுகளின் நீட்டிப்பு செயல்திறனை பெரிதும் குறைக்கும். எனவே, வழக்கமான Taq பாலிமரேஸ் 5 kb ஐ விட பெரிய இலக்கு துண்டுகளை திறம்பட பெருக்க முடியாது. நீட்டிப்பு செயல்திறனை மேம்படுத்துவதற்கும் நீண்ட துண்டு பெருக்கத்தின் தேவைகளைப் பூர்த்தி செய்வதற்கும் சிறப்பு மாற்றம் அல்லது பிற உயர் நம்பகத்தன்மை கொண்ட பாலிமரேஸ் கொண்ட டாக் பாலிமரேஸ் தேர்ந்தெடுக்கப்பட வேண்டும். கூடுதலாக, நீண்ட துண்டுகளின் பெருக்கத்திற்கு ப்ரைமர் டிசைன், டினாடரேஷன் நேரம், எக்ஸ்டென்ஷன் டைம், பஃபர் பிஹெச் போன்றவற்றை சரிசெய்தல் தேவைப்படுகிறது. பொதுவாக, 18-24 பிபி கொண்ட ப்ரைமர்கள் சிறந்த மகசூலுக்கு வழிவகுக்கும். டெம்ப்ளேட் சேதத்தைத் தடுப்பதற்காக, 94 ° C இல் உள்ள நீக்கம் நேரம் 30 வினாடிக்கு அல்லது ஒரு சுழற்சிக்கு குறைவாகக் குறைக்கப்பட வேண்டும், மேலும் பெருக்கத்திற்கு முன் வெப்பநிலையை 94 ° C ஆக உயர்த்தும் நேரம் 1 நிமிடத்திற்கும் குறைவாக இருக்க வேண்டும். மேலும், நீட்டிப்பு வெப்பநிலையை சுமார் 68 ° C ஆக அமைப்பது மற்றும் 1 kb/min விகிதத்திற்கு ஏற்ப நீட்டிப்பு நேரத்தை வடிவமைப்பது நீண்ட துண்டுகளின் பயனுள்ள பெருக்கத்தை உறுதி செய்யும்.

அதிக நம்பகத்தன்மை கொண்ட பல்வேறு டிஎன்ஏ பாலிமரேஸ்களைப் பயன்படுத்துவதன் மூலம் பிசிஆர் பெருக்கத்தின் பிழை வீதத்தைக் குறைக்க முடியும். இதுவரை கண்டுபிடிக்கப்பட்ட அனைத்து டாக் டிஎன்ஏ பாலிமரேஸ்களிலும், பிஃபு என்சைம் மிகக் குறைந்த பிழை வீதத்தையும் அதிக நம்பகத்தன்மையையும் கொண்டுள்ளது (இணைக்கப்பட்ட அட்டவணையைப் பார்க்கவும்). என்சைம் தேர்வுக்கு கூடுதலாக, ஆராய்ச்சியாளர்கள் பிசிஆர் பிறழ்வு விகிதத்தை மேலும் குறைக்கலாம், எதிர்வினை நிலைமைகளை மேம்படுத்துதல், இடையக கலவையை மேம்படுத்துதல், தெர்மோஸ்டபிள் பாலிமரேஸின் செறிவு மற்றும் பிசிஆர் சுழற்சி எண்ணை மேம்படுத்துதல்.